Vilnius kent momenteel ruim 100 kerken en andere bidplaatsen. Na de onafhankelijkheid heeft Vilnius veel energie gestoken in het restaureren van kerken en andere historische gebouwen. Omdat Vilnius altijd heeft opengestaan voor andere volken en geloven, bevat deze stad kerken en kloosters in vele soorten en stijlen die zeer de moeite waard zijn om te bekijken.
Tijdens de Sovjet periode was het Christendom en Katholicisme verboden en werden de meeste gebouwen verwaarloosd. Ook kregen vele kerken een andere functie en werden Katholieke kerken omgebouwd tot Russisch Orthodoxe kerken. In de stad Vilnius kregen maar liefst 38 kerken een andere functie zoals pakhuis, theater, museum etc. De kathedraal van Vilnius (arkikatedra) werd omgebouwd tot galerie voor schilderijen. In de kerk van Sint Casimir kwam zelfs het museum voor atheïsme. Gelukkig hebben bijna alle kerken in Vilnius de oorlogen in de 19e eeuw overleefd.
De St. Anna kerk(Šv. Onos bažnyčia) is een van de mooiste gebouwen en een symbool van Vilnius. Het is een laat Gotisch meesterwerk, met een schoonheid waarvan er slacht enkele te bewonderen zijn over de wereld. In de loop van de jaren heeft de kerk nauwelijks wijzigingen ondergaan. De kerk, gelegen aan de rand van het oude centrum, is gebouwd met 33 soorten stenen. De neogotische klokkentoren in 1873 gebouwd en ontworpen door N. Caginas (Tchiagin). De kerk is gerenoveerd tussen 1902 en 1909 en de voorgevel is versterkt tussen 1960 en 1970. Het harmonieuze gebouw is beroemd om zijn ritmische ontwerp van zijn verticale en gekromde lijnen. Boven het portaal bevinden zich geen platte muren, maar pilaren, drie verschillende soorten prachtige bogen. Op de torenspitsen staan metalen kruizen. Het interieur van de Sint Anna kerk komt niet overeen met de buitenkant. De altaren zijn barok en gewelven zijn van het begin van de twintigste eeuw.
De Poort van het Morgenrood (Litouws: Aušros Vartai) is een stadspoort en een van de belangrijkste cultuur- en architectuurmonumenten in de stad. In de 16e eeuw was het gebruikelijk dat stadspoorten religieuze kunstvoorwerpen bevatten, die de stad moesten beschermen tegen aanvallen en reizigers moest behoeden. De kapel van de stadspoort bevat een icoon van de Maagd Maria waaraan wonderbaarlijke krachten worden toegeschreven. Eeuwenlang was de afbeelding een symbool van de stad en voorwerp van aanbidding voor zowel Rooms-katholieke als orthodoxe stedelingen. Vele kerken in andere landen hebben kopieën van dit schilderij. Het beeld, ook wel genoemd "Vilnius Madonna", is geschilderd in de 17e eeuw. Het is geschilderd in de renaissancestijl, tempera op eiken boards, later opnieuw geschilderd in olie.
De eerste kerk in Litouwen was de Sint Nicolaas kerk(Šv. Mikalojaus Bažnyčia). Deze gotische kerk is gebouwd in 1320 door Duitse kooplieden, nog voordat Litouwen zich in 1387 definitief tot het Christendom bekeerde. In de kerk is een zilveren 16e eeuwse afbeelding van de heilige Nicolaas. Het rode gotische gebouw is zeer bescheiden maar behaaglijk. Het kerkhof en de omheining stammen uit het begin van de 19e eeuw. Tijdens de Poolse bezetting van Vilnius van 1920 tot 1939, was de Sint Nicolaas kerk de enige bidplaats waar mensen mochten samenkomen.
Na zijn bekering tot het Christendom in 1251 begon koning Mindaugas aan de bouw van Kathedraal van Vilnius (Arkikatedra). Mindaugas was nooit een echte gelovige, maar gebuikte dit om de Paus aan zijn zijde te krijgen en hier zijn voordeel mee te doen. Rond 1262 zwoer hij zijn geloof weer af. Ter gelegenheid van de invoering van het katholicisme in geheel Litouwen is in 1387 is de kathedraal voor herbouwd in gotische stijl.
Bent u geïnteresseerd in het interieur van gebedshuizen, dan kunt u terecht in de Sint Petrus en Paulus kerk. Het witte barokke interieur is werkelijk indrukwekkend voor alle bezoekers. De muren zijn afgewerkt met meer dan 2000 afbeeldingen van bijbelse, historische, allegorische en mythologische figuren, duivels, dieren, planten en fantasie. Vanuit de koepel kijkt God neer op de bijzondere afbeeldingen in de kerk. De menselijke figuren zijn verdeeld in verschillende groepen waaronder het leven van de heiligen, de delen van het nieuwe testament en de Litouwse geschiedenis.
De Sint Petrus en Paulus kerk bezit een uitzonderlijke kroonluchter gemaakt van geelkoper en glazen kralen in een modieuze vorm van een schip, gemaakt in Letland in 1905.
Het plein voor de kerk heeft de naam "Johannes Paulus II plein" gekregen, om het bezoek van de Paus uit 1993 te herinneren.
De Sint-Jan kerk (Šv. Jonų Bažnyčia) is gebouwd tussen 1387 en 1426. Jogaila gaf hiertoe opdracht onmiddellijk nadat in Litouwen het Katholicisme was ingevoerd. Deze kerk is een van de mooiste kerken van Vilnius. In 1571 kwam de kerk in handen van de jezuïeten, waarna het onderdeel werd van de universiteit van Vilnius. De klokkentoren van de Sint Jan kerk is eveneens gebouwd in dit jaar en is 68 meter hoog. De toren heeft zowel barokke elementen, maar ook kenmerken uit de renaissance stijl. De kruis op de toren dateert uit de tweede helft van de 17e eeuw. Aanvankelijk werd de kerk gebouwd in de gotische stijl, maar de symmetrische voorgevel is tegenwoordig in de barokke stijl. De kerk ziet er vooral indrukwekkend uit op zonnige dagen.
In de kerk worden soms concerten gegeven en er is ook een museum. Om de kerk te bezoeken, wordt aan toeristen een kleine vergoeding gevraagd. De entree is bij de universiteit.
De kerk van Sint Casimir (Šv. Kazimiero bažnyčia) werd voltooid in 1604 door de jezuïeten. Dit is de oudste barokke kerk in Vilnius. De kerk is verfraaid met drie prachtig versierde barokke altaren. Bovenop de toren van de kerk bevindt zich de familiekroon van Jogailaitis. In de Tweede Wereldoorlog werd de kerk flink beschadigd, maar tijdens de Sovjetonderdrukking in 1961 krijgt het heiligdom zijn meest opvallende functie: een museum over atheïsme.
Interessante Orthodoxe kerken in Vilnius zijn de kerk van de heilige Trinity (Šv. Trejybės bažnyčia) en de kerk van de heilige geest (Stačiatikių Šv. Dvasios Cerkvė). Ook de Russisch Orthodoxe kerk van de Heilige Moeder van God uit de 14e eeuw is heel erg imposant. Deze kerk is in 1511 herbouwt in de gotische byzantijnse stijl.
De enige Synagoge die Vilnius nog telt is gebouwd in 1903. Voor de tweede wereldoorlog telde Vilnius echter meer dan 100 Synagogen. In deze tijd waren ongeveer 100.000 mensen in Vilnius Joods. Dit was ongeveer 45 procent van de bevolking. Vilnius werd in die tijd ook wel het Jeruzalem van Litouwen genoemd. Momenteel wonen er nog 6500 Joden in Litouwen, waarvan ongeveer 5000 in Vilnius.